Les Incas ont baptisé leur Empire Tahuantinsuyu, ce qui signifie en quechua "Terre des 4 Régions"

Dans Inca Empire, vous allez devenir un "Apu", chef de l’une de ces 4 régions (ou Suyus en quechua). Votre rôle en tant qu’Apu sera de faire croître l’estime que vous porte le Divin Empereur, le "Sapa Inca", en faisant tout votre possible pour favoriser l’extension et le développement de l’Empire.

Chaque Apu dispose pour commencer de la main d’oeuvre fournie par la région qu’il dirige. Construire des routes et conquérir les régions voisines permettra d’accroître la main d’oeuvre et les ressources à votre disposition. Les Apus seront récompensés pour chaque nouvelle région annexée à l’Empire et pour chaque construction (les Terrasses, ainsi que les Garnisons, les Cités et les Temples). Le joueur qui aura le plus de points de victoires lorsque que Pizarro et ses conquistadors atteindront Cuzco, la capitale, remportera la partie.