Flotilla propose deux modes de jeu distincts, dans lesquels vous essayez de surpasser vos adversaires pour apporter la prospérité dans la nouvelle maison de l’humanité. Vous commencez le jeu en tant que commandant de flotte Abyssin, chargé par les dirigeants du monde entier d’explorer le nouveau visage de l’océan, de fouiller les profondeurs à la recherche de ressources et de sauver tous les survivants que vous rencontrez. A tout moment du jeu, vous pouvez choisir (ou pas) de devenir Celestien, en vendant vos barges, et en laissant votre vie de marin derrière vous pour faire grandir la Flottille elle-même.